O MPF (Ministério Público Federal) recomendou à Santa Casa de Corumbá que melhore a gestão do hospital e dê mais transparência aos atos administrativos realizados no local. Atualmente, a Santa Casa de Corumbá está sob responsabilidade de Junta Interventora nomeada pelo prefeito (PSDB).

Entre os nomeados está o irmão de Iunes, Eduardo Aguilar Iunes. Problemas no hospital são alvo de inquéritos civis abertos pelo MPF. Ao todo, existem seis procedimentos relativos a prestação de contas, controle da aplicação de verbas federais, pagamentos acima do teto e possíveis irregularidades relativo ao uso dos recursos.

A unidade enfrenta sérios problemas financeiros e é a principal para atendimento via SUS (Sistema Único de Saúde) do país. Segundo o MPF, os dois sistemas informatizados para gerenciamento das atividades do hospital não são adequadamente alimentados.

A situação estaria dificultando o controle administrativo e restringindo o acesso às informações referentes a aplicações de recursos públicos no hospital. No documento, o MPF recomenda que as informações dos setores de gestão do hospital possam ser amplamente acessadas pelos órgãos e setores de auditoria.

Também é pedido que os funcionários vinculados à Santa Casa, incluindo médicos e enfermeiros, deverão ser qualificados para preencher completa e adequadamente os sistemas, de onde deverão ser extraídos relatórios mensais.

Aspectos relacionados à rotina hospitalar, como a exibição dos nomes dos profissionais médicos em plantão no período, a criação de um Conselho Gestor com caráter consultivo e permanente, e a implantação do da Santa Casa de Corumbá, também foram tratados na recomendação feita pelo MPF.

O prazo para que as diretorias e a Junta Administrativa do hospital se manifestem é de 10 dias, a partir do recebimento da recomendação, para informar se a acatarão ou não. Caso a resposta seja negativa, devem ser adotadas medidas judiciais.