Segundo o processo analisado, os crimes teriam ocorrido em 2007, quando a PF (Polícia Federal) deflagrou a Operação Rio Nilo. Entre 31 pessoas denunciadas pela MPF, estavam o atual presidente da IBL Logística, Jonatas Spina Borlenghi, e o então gerente da empresa em Manaus, Neil da Silva Araújo.

Em março de 2015, 30 réus foram condenados por estelionato, formação de quadrilha, corrupção e falsidade ideológica. No entanto, Borlenghi foi o único absolvido no processo por falta de provas. Assim, no ano seguinte, o MPF denunciou a improbidade administrativa contra as empresas.

A denúncia foi apresentada em 2016, pelo procurador Alexandre Jabur. No entanto, o processo ainda não foi aceito pela Justiça Federal.