Athié ficou afastado do cargo durante sete anos, por ter sido alvo de uma ação do Superior Tribunal de Justiça sob acusação de estelionato e formação de quadrilha, em 2004. Um inquérito contra ele, com as mesmas acusações, foi arquivado em 2008 pelo STJ a pedido do Ministério Público Federal. O órgão alegou não ter encontrado provas a respeito de Athié ter proferido sentenças em conluio com advogados. Ele retomou às atividades em 2011, após decisão do STJ. O habeas corpus encaminhado ao Supremo Tribunal Federal pela defesa de Athié foi acatado em 2013 para trancar a ação contra o desembargador.
Os votos em colegiado de Athié também são polêmicos. A primeira turma do TRF-2 é responsável pelo julgamento da Operação Pripyat, desdobramento da Lava Jato no Rio responsável pelas investigações referentes à Eletronuclear. Athié era relator do processo contra o ex-presidente da companhia Othon Luiz Pinheiro e votou favoravelmente para revogar a prisão preventiva do empresário, determinada pelo juiz Marcelo Bretas.
Foi nesta sessão que o desembargador comparou propina a gorjeta: “Nós temos que começar a rever essas investigações. Agora, tudo é propina. Será que não é hora de admitirmos que parte desse dinheiro foi apenas uma gratificação, uma gorjeta? A palavra propina vem do espanhol. Significa gorjeta”, justificou.
Athié também envolveu-se em polêmicas referente ao bicheiro Carlinhos Cachoeira e o ex-presidente da construtora Delta Fernando Cavendish, sob acusações de lavagem de dinheiro. O Ministério Público Federal solicitou o afastamento de Athié do caso após ter concedido habeas corpus aos investigados. Antes que a decisão fosse tomada, o desembargador declarou-se impedido O MPF alegou que Athié é amigo do advogado de Cavendish, Técio Lins e Silva.
Em dezembro de 2016, a ex-primeira dama do Rio de Janeiro Adriana Ancelmo, mulher do ex-governador Sérgio Cabral, ainda estava detida. Athié foi o único desembargador que defendeu prisão domiciliar para Adriana, sob a justificativa de que ela deveria cuidar dos filhos. Em março de 2017, Bretas concedeu prisão domiciliar à ex-primeira dama e em agosto do ano passado, ela foi liberada da prisão domiciliar também por Bretas.
